Các tài liệu lịch sử cho biết, chỉ từ thế kỷ XIV sau Công nguyên, đạo Hồi mới bắt đầu thâm nhập mạnh vào khu vực Đông Nam Á. Thế mà, cho đến thế kỷ XVI – XVII, khi thực dân phương Tây bắt đầu đến đây xâm chiếm thuộc địa, thì ở Đông Nam Á đặc biệt là ở vùng quần đảo Mã Lai đã hình thành một loạt Hồi quốc hùng mạnh. Và, để chiếm được thuộc địa, các cường quốc thực dân phương Tây đã phải đương đầu một mất một còn với các quốc gia Hồi giáo vừa mới ra đời không lâu. Chính lực lượng của các Hồi quốc với ngọn cờ là Hồi giáo đã trở thành một trong những thành phần quan trọng cấu thành phong trào giải phóng dân tộc ở Đông Nam Á. Sang thời kỳ độc lập, vai trò của đạo Hồi được thể hiện vừa rất chung, vừa rất khác nhau ở các nước, các vùng có đông tín đồ Hồi giáo. Và, cũng như ở những thời kỳ lịch sử trước kia, cho đến giờ đây, Hồi giáo vẫn tiếp tục có một vai trò to lớn trong đời sống xã hội, tinh thần ở các nước có tín đồ Hồi giáo. Tại các quốc gia có dân cư chủ yếu là người Hồi giáo như In-đô-nê-xi-a, Bru-nây và Ma-lai-xi-a, Hồi giáo có vai trò to lớn và trực tiếp trong nhiều mặt đời sống chính trị, xã hội của đất nước. Bên cạnh những ảnh hưởng tích cực, tại các quốc gia Hồi giáo trên, đạo Hồi cũng có những biểu hiện và những hoạt động đối lập, thậm chí ly khai với các xu hướng chính trị và chính sách của chính quyền. Tôn giáo và chính trị luôn là vấn đề đối với các nước có đông tín đồ Hồi giáo. Vì phần đông dân chúng là những người Hồi giáo, cho nên, dù có lúc, có nơi, mâu thuẫn giữa tôn giáo và chính trị có trở nên căng thẳng, thậm chí dẫn đến xung đột vũ trang, chính phủ của các quốc gia Hồi giáo gặp không ít khó khăn trong việc giải quyết vấn đề này.